2002年10月，昆明市博物馆被国家人事部和国家文物局联合授予了“全国文物系统先进集体”的光荣称号。

2011年，博物馆被昆明市委、市政府评为“昆明市平安建设先进单位”。

2012年9月，昆明市博物馆馆，被中共中央宣传部、文化部、国家广电总局、新闻出版总署评为全国文化体制改革工作先进单位。

2013年6月，被昆明市文化广播电视体育局评为“迎南博保稳定”先进集体。

2021年9日月26日，昆明市博物馆的“馆藏文物展藏环境监测预警平台”项目获得第七届全国十佳文博技术产品及服务优秀奖。

2024年5月18日，昆明市博物馆入选第五批全国博物馆定级评估一级博物馆名单。