根据上述职责，崆峒区司法局内设3个机构，下设20个派出机构。

（一）办公室：负责局机关党务、政务工作，督促检查机关工作制度的落实，负责重要会议的组织和会议决定事项的督办；负责文秘与公文管理、办公自动化、综合性文稿的起草、审核工作；负责信息、简报的收集、编发和电文处理、档案管理、机要保密、档案、综合统计，信访和接待工作；负责局机关财务、资产管理后勤保障，环境卫生等行政事务工作；负责局机关和下属单位的干部人事、劳动工资工作；组织实施目标责任制考核、奖惩工作；指导干部教育培训工作。

（二）法治宣教科：管理、指导、协调全区法治宣传教育、普及法律常识，负责区普法办的日常工作；负责区委依法治区领导小组办公室的日常工作；负责全区司法行政系统的执法监督检查工作；负责培训全区法律培训和法学教育工作；指导面向社会服务的司法鉴定工作。

（三）基层工作科（社区矫正科）：指导管理基层司法所、司法助理员、人民调解、基层法律服务所工作；负责基层法律服务所和法律服务工作者的年检注册工作；负责基层业务工作调研、经验交流，参与社会治安综合治理工作；指导、监督、管理全区社区矫正日常工作。

下设机构：20个基层司法所（17个乡镇、3个街道办事处）均为正科级建制，各设所长1名，副所长1名。