1949年9月，中华全国自然科学工作者代表会议筹备委员会在山东成立了分会。

1950年12月，山东省召开自然科学工作者代表会议，成立了山东省科学技术普及协会筹备委员会（简称山东省科普）。

1951年12月，中华全国自然科学专门学会联合会成立了济南分会筹备委员会（简称济南科联）。

1958年10月，山东省科普和济南科联两个筹委会召开联席会议，决定合并成立山东省科学技术协会筹委会。

1959年4月，山东省科学技术工作者代表大会在济南召开，正式成立了山东省科学技术协会（简称山东省科协）。

1966年6月，“文化大革命”开始后，山东省科协组织被撤消，活动中断。

1977年11月，根据中共山东省委75号文件《关于恢复省、地、市科学技术协会的决定》，山东省科学技术协会重新恢复工作。

1981年4月，山东省科学技术协会第二次代表大会召开。

1987年2月，山东省科学技术协会第三次代表大会召开。

1992年9月，山东省科学技术协会第四次代表大会召开。

1997年12月，山东省科学技术协会第五次代表大会召开。

2002年12月，山东省科学技术协会第六次代表大会召开。

2009年6月，山东省科学技术协会第七次代表大会召开。

2014年1月，山东省科学技术协会第八次代表大会召开。

2025年4月15日，山东省科协与香港京港学术交流中心战略合作签约仪式在香港举行。