1999年7月，锦州医学院分院成立，为锦州医学院举办的二级分院。

2004年3月，经教育部批准，学校按照新机制、新模式学校改建为独立学院。

2006年8月，中华人民共和国教育部同意锦州医学院更名为辽宁医学院，学校伴随更名为辽宁医学院医疗学院。

2016年3月，中华人民共和国教育部同意辽宁医学院更名为锦州医科大学，学校随之由辽宁医学院医疗学院更名为锦州医科大学医疗学院。

2023年5月，经中华人民共和国批准，学校举办者由锦州医科大学、锦州市建设磨石板厂变更为锦州医科大学、清原县奥悦隆贸易有限公司。

2024年10月，学校当选东北“三省一区”医工交叉新医科教育发展联盟常务理事单位。

2025年7月15日，锦州医科大学医疗学院附属葫芦岛市第二人民医院签约揭牌仪式隆重举行。