医院内设处室123个，包括：党委办公室、医院办公室、党委督查室、纪委办公室、监督检查室、党委组织部、党委统战部、党委宣传部、保卫科、人力资源部、财务部、教学办公室、科研科、审计科、基建管理办公室、离退休办公室、后勤管理办公室、质量管理科、工会、团委、医务部、护理部、医疗保险科、预防保健科、公共卫生管理科、医院感染管理科、医患协调部、投诉管理办公室、门诊部办公室、医学装备部、统计信息科、招标采购中心、医院运营管理部、药物临床试验管理办公室、临床技能培训部、热敏灸项目管理办公室、干部保健办公室、急诊科、肺病科（呼吸内科）、心血管病科（心血管内科）、脑病科（神经内科）、脾胃肝胆病科（消化科一科）、脾胃肝胆病科（消化科二科）、肾病科（肾内科）、血液病科（血液科）、糖尿病科（内分泌科）、风湿病科、肿瘤科、结石病科、感染性疾病科、重症医学科、老年病科、疼痛科、皮肤科、妇科、儿科、眼科、耳鼻咽喉科、口腔创伤整形科、医疗美容部、麻醉科、超声诊断科、检验科、输血科、病理科、医学影像科、药学部、食疗营养科、健康管理体检中心、病案科、外一科（中医外科）、外二科（普外科）、外三科（心胸外科）、外四科（脑外科）、外五科（泌尿外科）、外六科（微创外科）、肛肠一科、肛肠二科、骨伤一科（关节骨科）、脊柱一科、脊柱二科、骨伤三科（创伤骨科）、骨伤四科（运动医学科）、骨伤五科（手足骨科）、骨伤六科（儿童骨科）、骨伤七科（骨与软组织肿瘤科）、骨伤八科（修复重建科）、骨伤九科（针刀整脊科）、经典骨科、针灸一科、针灸二科、针灸三科、针灸四科、针灸五科、急诊综合科、推拿一科、推拿二科、康复一科、康复二科、特色治疗部、国医堂、治未病中心、针灸康复分院（江西热敏灸医院）、理疗室、介入室、手术室、消毒供应室、血液净化室、胃肠镜室、纤维支气管镜室、针灸康复中心、中医经典科、红谷滩分院、阳明路门诊部、江西中医药大学呼吸病研究所、江西中医药大学皮肤病研究所、江西中医药大学嗓音言语听力研究所、江西省南方灸学研究所（江西省南方灸疗中心）、江西省南方毒蛇咬伤研究所、江西中医药大学骨伤研究所、江西中医药大学心血管病研究所、江西中医药大学肛肠病研究所、中医针灸国际交流合作中心。

编制人数小计 972 人，其中：部分补助事业编制人数972人。