1951年，经中央批准，江西创办中医实验院，拨款基建经费20万元。

1954年，经过两年多的筹备，江西省中医实验院正式成立。是全国首家全民所有制中医医疗机构，在编人员30人，病床10张。医院内设实验部(主任项飞璜)和临床部(主任赵惕蒙)。

1957年，江西省中医实验院划归江西医学院领导，更名为江西医学院附属中医实验院。

1959年，江西中医学院成立，经江西省人民委员会批准，在中医实验院的院址兴建江西中医学院附属医院，定院名为江西省中医院，江西省中医院院名一直沿用。

1962年9月19日，经过三年多的建设，江西省中医院正式开业接诊。在编职工80人，开放病床35张。9月25日门诊部开诊，10月10日，开放住院部。

1966年，医院更名为江西中医学院附属医院。

1970年，因江西中医学院被合并，医院也划归江西医科大学领导，更名为江西医科大学附属中医院。

1973年，江西中医学院恢复办学，医院重新划归江西中医学院领导，更名为江西中医学院附属中医院。

1990年，医院再次更名为江西中医学院附属医院。

1997年，经江西省卫生厅评审，医院获评三级甲等中医医院。

2003年，医院增挂江西省骨伤医院牌子。

2011年，为更好地推广科技创新成果热敏灸技术，经江西省卫生厅批准，医院成立江西热敏灸医院；

2013年5月，江西中医学院更名为江西中医药大学，医院也随之更名为江西中医药大学附属医院。

2017年，江西中医药大学抚生校区划归附属医院，建设江西中医药大学附属医院西湖院区（江西热敏灸医院），并于12月31日正式启用抚生院区。

2020年6月29日，江西中医药大学附属医院中医药传承创新工程在抚生院区开工奠基。

2025年2月，江西省中医慢病管理中心揭牌仪式在江西中医药大学附属医院举行。