食品科学与工程学院源于1985年学校创立之初设立的食品工程系，由原无锡轻工业学院（现江南大学）对口援建，1988年食品工程系与化学工程系合并组建食品化工学部，并于当年开始在校本部招收食品科学与工程、发酵工程专业1-2个本科或专科班。1992年更名为食品与化学工程系，1997撤销食品与化学工程系，恢复食品工程系建制，在食品科学与工程本科专业的基础上，先后增设了海洋技术、生物工程本科专业和中国烹饪专科专业。

2003年与海洋与水产学院组成海洋学院（食品工程学院），实行两块牌子，一套班子，协调发展，2016年更名为海洋生命与水产学院（食品科学与工程学院）。2019年6月，学校成功更名为江苏海洋大学，根据学校新的办学定位、总体战略和发展要求，按照学科重组、结构优化、重点突破、协调发展的原则。

2020年3月食品科学与工程学院独立设置。