前身溯源

南京海运学校

1950年12月，中央人民政府交通部和中国海员总工会决定创办南京海员训练班，腾出南京白下路复兴巷内斛斗巷19号，把原国民政府新建还未完工的立法院立法委员宿舍，作为创办训练班的校址。

1951年1月，南京海员训练班正式开学，成为新中国最早的海员学校。初期学员为700多名起义船员，“重庆”舰起义官兵担任教员。

1953年1月，海员培训班改建为中国海员干部学校。

1955年，交通部决定在海员干部学校的基础上筹办海员专业技术学校，改名为南京初级航海学校。

1957年9月，经交通部海运总局与劳动部研究确定，学校为技工性质，培养目标为普通船员，改名为南京海运工人技术学校，划归交通部上海海运局领导。

1960年1月，交通部决定将学校改为中专，命名为交通部上海海运管理局南京海运学校。

1964年8月，经交通部决定，学校划归交通部远洋运输局领导，改名为南京远洋技工学校。

1965年9月，改名为南京远洋海员学校，成为远洋运输局第一所直属学校。

1973年3月，交通部下达了《关于恢复南京远洋海员学校的通知》，学校改名南京海员学校。

1990年4月，交通部批准“南京海员学校”恢复原“南京海运学校”校名。

南京航运学校

1956年2月，依照中央交通部河运总局指示，按照海运、河运人才培养计划，在南京下关唐山路126号，筹建以培养内河轮驳驾驶方面的初级技术人才为目标的新学校——南京河运技工学校。

1958年4月，长江航务管理局决定武汉技校和南京技校合并，学校由中技升格为中专。

1959年2月，长江航务管理局通知改校名为“长江航运管理局南京航运学校”。5月，长江航务管理局确定校名更换为“南京长江航运学校”。

1961年下半年，金陵船厂技校并入南京航运学校，此为学校第二次并校。

1962年10月，停办中专工作结束后，学校恢复单一的技工学校，根据交通部和长江航务管理局的指示，校名改为“南京长江航运技工学校”。

1965年11月，学校复改名为“南京河运学校”。

1979年4月27日，长航局以长航教（79）字第413号文通知，明确学校为“中专”。与金陵船厂分校分开，独立办校。

1980年3月，长江航务管理局以长航教（80）332号文决定学校由长江航务管理局直接领导。

合并发展

2003年7月，经江苏省人民政府批准，原南京海运学校和原南京航运学校合并组建江苏海事职业技术学院。

2004年，学校整体搬迁到江宁大学城办学。

2019年4月23日，江苏海事职业技术学院士官与军事教育学院成立。2019年7月，被教育部认定为国家优质专科高等职业院校。12月，被教育部、财政部列入第三类高水平专业群建设单位（b档）。

2024年7月17日，江苏省文物局批复江苏海事职业技术学院申报的“江苏海事职业技术学院海事教育博物馆”为江苏省国有博物馆，这是江苏省设立的首家海事教育类博物馆，也是江苏省唯一一所高职院校获批备案的国有博物馆。