柬埔寨中国商会的最高权力机构是柬埔寨中国商会会员大会。在大会休会期间，由会员大会选举产生的理事会负责处理日常会务工作，并对会员大会负责。

埔寨中国商会理事会由会长、副会长、秘书长、副秘书长（以上人选为常务理事）和若干理事组成；会长、副会长、秘书长和副秘书长由理事会选举产生。

理事会每届任期三年。如遇特殊情况，经理事会会议决定，可提前中止或延长任期。

柬埔寨中国商会会员大会一般每年召开一次，由理事会主持召开。理事会一般每季度召开一次全体会议，由常务理事会主持召开。

因企业注销、本人调动、本人辞职等原因造成的理事会成员空缺而需增补，理事会可向大会会员推荐，由大会会员通过，补选为理事会成员。

常务理事会根据工作需要召开全体或部分理事会议，有关决议需出席会议的三分之二以上成员同意，方可通过。

商会会员或理事会成员如有违法行为或出现其它重大问题，经理事会讨论可罢免其会员资格或理事资格。

为促进商会更有效地开展日常工作，为广大会员提供更好的服务，商会将根据工作需要设立有关工作办公室（或委员会）和行业分会，由理事会成员担任负责人，处理各项专门事务。商会会员可根据业务需要自愿加入。各办公室或分会形成的决议，报经商会理事会通过后予以执行。