1936年11月，伪满洲国新京特别市立医院建成，该医院是吉林大学第二医院的前身。

1946年，医院更名为长春大学医学院附属医院。

1948年11月，东北解放后，聂荣臻元帅、诺尔曼·白求恩于1939年缔造的晋察冀军区卫生学校迁至长春，长春大学医学院附属医院更名长春医科大学第一附属医院。

1950年，医院更名为长春军医大学第二学院。

1951年，医院更名为中国人民解放军第三军医大学第二学院。

1954年，天津第一军医大学与长春第三军医大学合并为中国人民解放军第一军医大学，医院随之更名为中国人民解放军第一军医大学第二医院。

1978年，医院更名为白求恩医科大学第二临床学院。

2000年6月，白求恩医科大学与吉林大学等五校合并为新的吉林大学，医院随之更名为吉林大学第二医院。

2024年11月12日，吉林大学第二医院南关医院正式开诊。