2014年12月，海南省人民政府批复同意筹建海南健康管理职业学院。

2015年10月，中国（海南）改革发展研究院正式申请设立海南健康管理职业技术学院。 12月，中国（海南）改革发展研究院有限责任公司、海南第一投资控股集团有限公司、浙江灵康控股有限公司达成协议，三方将共同筹建海南健康管理职业技术学院。

2016年，海南健康管理职业技术学院由海南省人民政府批复设置。

2018年，海南健康管理职业技术学院经中华人民共和国教育部备案；同年，微医集团（浙江）有限公司、中国（海南）改革发展研究院责任有限公司和珠海怡华通投资有限公司联合创办的海南健康管理职业技术学院正式在澄迈金江校区招生，同时修建桂林洋校区。

2020年6月，学院获批海南省第九十八职业技能鉴定所。

2021年2月，学院被评为海南省第一批可面向全省开展职业技能等级认定工作的社会培训评价组织。

2023年8月，学院完成举办者变更，举办者变更后为微医（海南）健康产业发展有限公司。

2024年9月，学院完成老城校区建设，正式投入使用。