根据上述职责，市审计局设8个内设机构。

（一）办公室。负责文电、会务、信息、统计、新闻发布、档案、保密、财务、安全保卫等机关日常运转工作；负责对有关文件和事项的催办、督办、年度目标考核工作；编制审计工作规划，安排年度审计项目计划；负责全市审计科研、内审协会、审计学会工作；负责政法、信访、应急、社会治安综合治理、精神文明建设和计划生育等工作；负责人事管理、党群、机构编制和离退休干部工作；联系特约审计员。

（二）法规科。组织拟定全市审计工作的规范性文件和规章制度；参与研究起草财政经济方面的规章和政策；组织对审计机关和社会审计组织审计业务质量的监督检查；审理有关审计业务事项；承担机关有关规范性文件的合法性审核工作；承担机关行政复议、行政应诉等工作。组织实施审计普法教育；办理向纪检、监察、司法等部门有关事项的移交工作。

（三）财政金融审计科。负责审计市级预算执行和其他财政收支情况，拟定市级财政预算执行情况的审计工作方案，汇总审计结果，并向市政府和市人大提出审计结果报告和审计工作报告；负责审计市级财政组织预算执行情况，市地方税务系统税收征管情况，市级国库办理市级预算资金的收纳拨付情况，镇、街道预算执行、决算及其他财政收支情况；负责审计市财政局、地方税务局等部门及其下属单位的财务收支状况；负责审计市级国有金融机构的资产、负债和损益；开展相关专项审计调查。

（四）行政事业审计科。负责审计与市财政有拨缴款关系的市人大、政协、法院、检察院机关和政党组织、社会团体的财务收支；负责审计市政府有关部门及其下属单位的财务收支；开展相关专项审计调查。

（五）农业与资源环保审计科。负责审计市政府农业与资源环保主管部门及下属单位的财务收支；负责审计主管部门和镇、街道政府管理的农业专项资金、资源能源和生态环境保护资金；负责监督各项农业专项资金、资源能源和生态环境保护资金的管理使用和投资效益。开展相关专项审计调查。

（六）社会保障审计科。负责审计市政府有关部门及下属单位的财务收支；负责审计市政府主管部门、镇、街道管理和其他单位受市政府及其部门委托管理的社会保障资金、社会捐赠资金、彩票公益金；开展相关专项审计调查。

（七）经贸与外资运用审计科。负责审计市政府有关部门及下属单位的财务收支；负责审计市级国有企业和市政府规定的国有资本占控股或主导地位企业的资产、负债和损益；负责审计国际组织和外国政府援助、贷款和赠款项目；对世界银行、亚洲开发银行等国际组织提供项目审计公正报告；开展相关专项审计调查。

（八）投资审计科。负责审计市政府有关部门及下属单位的财务收支；负责对市政府投资建设项目的预算执行情况和决算进行审计监督，对镇、街道重点政府投资建设项目的预算执行情况和决算进行审计监督；开展相关专项审计调查。