在最初的《射雕英雄传》中，《九阴真经》为少林祖师达摩所著，与《九阳真经》一阴一阳，并存于世。

《九阴》偏重招式，《九阳》偏重内力。《九阴真经》包含无数神奇招术，诡秘莫测，义理艰深难学，但《九阳真经》功成，内力至强，天下武学附拾皆可使用，却非世间武功所能伤害。

在金庸第一次修订出版后，对《九阴真经》作出调整。

作者方面，由达摩改为黄裳。由原先应是释家武学，变成中原的道家武学，与《九阳真经》解除关联。

在2000年的时候，金庸又对小说作出修订，此次修订后，《九阴》与《九阳》重新恢复关联，但不是过往的招式内力互补。

《九阳真经》于世纪新修版中，为一个曾为道为僧为儒的僧人所著，僧人曾与王重阳斗酒获胜，因而得以披阅《九阴真经》。由于僧人觉得《九阴真经》这道家武学失于阴柔偏颇，后再结合佛道武功心得写下《九阳真经》。

然而，新修版《射雕英雄传》的《九阴真经》总纲却明言“九阴极盛”乃是灾害，总纲的要旨亦是要纠正这一毛病，加上总纲是梵文所写，亦有人认为僧人所参透的可能不包括《九阴真经》的总纲。