1984年7月11日，南京市社科联成立，全称为“南京市哲学社会科学联合会”，

1995年12月更名为“南京市社会科学界联合会”，办公地点先后设在北京东路41号21号楼市委宣传部内、白下路257号市委党校1号楼内、进香河路35号地质学校内、成贤街114号，

2003年5月办公地点迁至成贤街43号至今。

1996年，南京市社科联由行政编制改为事业编制（16名），实行事业单位的职称、奖金、工资等人事管理制度，内设为办公室、学术学会处、城市科学研究所、南京文化研究所。

1998年，南京市社科院正式组建以后，南京市社科联恢复行政编制（8名），参照国家公务员制度管理。

2002年机构改革，南京市社科联、社科院人员核定编制为26名，其中市社科联专项编制12名，参照国家公务员制度管理，市社科院全额拨款事业编制14名，内设为办公室、科研管理处、学会工作处、经济发展研究所、社会发展研究所、文化与历史研究所。

2005年后南京市社科联、社科院陆续增加行政编制9名，行政附属编制5名，事业编制9名。

2007年9月，南京市社科联社会科学普及工作处挂牌。

2010年12月，南京市社科联成立了机关党总支。

2011年12月南京市社科院新成立了城市发展研究所。

2015年12月南京市社科联获批单独设置社会科学普及工作处。