2018年6月，晋江文学城因涉及网络文学作品导向不正确及内容低俗、传播淫秽色情信息、侵权盗版三大问题，被有关部门作出行政处罚。

2019年5月23日，晋江文学城发布声明，按照行业主管部门的要求，全面开展自查，认真进行整改。从即日起，立即关停古代纯爱频道下的东方架空栏目及衍生纯爱频道下的东方幻想栏目，停止更新原创分站15天。

2019年5月23日，北京市文化执法总队联合市公安局治安管理总队、市委网信办、市新闻出版局、市通信管理局等单位，对北京晋江原创网络科技有限公司运营的晋江文学城网站进行联合检查，发现该网站登载的网络作品中，《不知悔改的男人》《妖孽养成日记》等作品涉嫌传播淫秽色情内容，对公众特别是未成年人的身心健康有毒害。鉴于该公司对网络出版物内容疏于监管，未尽合理审查义务，相关部门依法责令其立即进行整改，全面清查网络出版物内容，完善审核编辑制度。对该网站涉嫌违法行为，执法机关将进一步依法作出严肃查处。

2019年7月15日，按照全国“扫黄打非”办公室部署，北京市、上海市“扫黄打非”办公室联合网信、新闻出版和文化执法等部门对晋江文学城进行约谈，要求针对传播网络淫秽色情出版物等问题进行严肃整改。根据问题性质，责令晋江文学城网站及移动客户端自7月15日20时起停止更新、停止经营性业务15天，在网站、移动客户端首页登载整改公告，并予相关行政处罚。

2019年8月14日，从全国“扫黄打非”办公室获悉，全国“扫黄打非”办公室转办了涉嫌传播低俗色情甚至淫秽内容的网络文学网站、app、微信公众号和作者线索347条，部署北京、上海查处了晋江文学城违法行为并公开曝光。

2024年9月，因网络运营商线路故障，部分地区用户出现无法正常登录等问题，晋江文学城发布通知称，“因网络运营商线路故障，可能会导致部分地区用户出现无法正常登录、购买或阅读等问题，请诸位暂缓报错，目前技术正在紧急协调处理中，恢复后会第一时间通知大家。”

2024年12月，，晋江文学城因未在pc端设置青少年模式，被浙江省消费者权益保护委员会约谈。因其注册地及主要办事机构所在地均在北京市，晋江文学城拒不参加约谈会。此次事件中，有网友支持晋江文学城拒绝参加约谈会的做法，认为浙江消保委作为公益性社会组织，无权异地约谈企业。也有网友表示，晋江文学城作为线上阅读平台，只要浙江的消费者投诉其有侵权行为，浙江省消保委就有权要求其整改，保护消费者权益。

2025年6月24日，晋江文学城发布关于网络微短剧《偷偷藏不住之许你》的严正声明，称原著作者竹已仅曾向霍尔果斯哇唧唧哇娱乐文化有限公司授予《偷偷藏不住》的网络剧改编权等相关权利，未授权网络微短剧改编权。该网络微短剧的创作及播映行为，涉嫌违反前述合同约定，并可能构成对原著作品版权的侵害。对此，哇唧唧哇24日晚发布声明回应，称是基于双方合同约定，哇唧唧哇对授权作品进行改编，拍摄了网络影视剧《偷偷藏不住之许你》。6月25日，记者从晋江文学城内部人士处获悉，《偷偷藏不住之许你》是以“网络微短剧”类型进行的申报及获批，而非网络剧。根据双方签订的影视主合同，网络微短剧类型并未包含在《偷偷藏不住》的影视授权范围内。但该剧的类型、备案及制作行为明显超出主合同及补充协议所明确授予的权利范围 ，后续所有争议，公司将直接诉诸法律途径解决。7月3日，哇唧唧哇、晋江文学城、原著作者竹已三方发布联合声明：三方沟通后决定，《偷偷藏不住之许你》微短剧将永久下架。