万寿禅寺，始建于唐天宝四年（745年），江苏昆山法钦禅师遵“遇径而至”师嘱，至径山顶结庵，创建道场。唐永泰（765~766年）中，法钦弟子崇惠去长安与方士竞法获胜，代宗召法钦进京赐号“国一禅师”。唐大历三年（768年），法钦辞归，代宗下诏建径山寺。径山寺受历代帝王器重，屡有赐额。唐乾符六年（879年），僖宗赐名“乾符镇国院”。

北宋大中祥符元年（1008年），真宗赐名“承元禅院”；北宋政和七年（1117年），徽宗赐名“能仁禅寺”；南宋乾道二年（1166年），孝宗游径山，亲笔书“径山兴圣万寿禅寺”额。

宋、元间，径山禅寺曾六毁六建。

清康熙四十四年（1705年），圣祖南巡，御书“香云寺”额。

清康熙二十四年（1685年），又一次重建，有大殿四幢、宝塔一幢，楼、堂、阁、轩、亭、房、庵有名者62处，最盛时下属庵院有112处，接待寺7处，在苏州、湖州、昆山、嘉兴、仁和等地有庄院5处。寺产有田457亩、地276亩、山林2944亩，另在径山港口有草荡3000亩。清中叶后，从林逐渐衰败。

民国二十一年（1932年），万寿禅寺再次重建，但“所复远非旧观”，寺产尚有田300多亩，山林500多亩。径山寺因火、因兵，遭毁坏11次，至1963年，殿宇、寺屋倒塌殆尽。

1964年，大殿倾毁，仅存宋孝宗御碑、明永乐铜钟、明代铁香炉。

1978年后，宗教活动恢复，复建径山禅寺，并经杭州市政府同径山万寿寺属对外开放寺庙。

1987年，杭州市、县、镇政府拨款修建意，自洞桥至径山禅寺的盘山公路。

1990年5月，佛教界决定自筹资金修复径山禅寺，奠基仪式在径山禅寺遗址举行。

1991年，钟楼失火被毁，仅剩寺前宋孝宗御碑。经海内外佛徒信众和旅游者倡议，由政府批准，经佛教协会筹划，后又重建。

1997年5月21日，万寿禅寺举行殿宇落成暨佛像开光法会，全省诸山长老、长者、居士等各界人士近千人出席，以福岛庆道为总团长的150余名日本佛教界朋友到会。