2005年，被山东省委宣传部公布为“省级爱国主义教育基地”。

2012年，济南市博物馆成功入选山东省“十佳博物馆”。

2013年4月，济南市博物馆的《蔡公时纪念馆陈列展览》、“文博小使者”分别入选山东省十大精品陈列展览奖和十大优秀社会教育活动案例，受到山东省文物局表彰。

2015年3月，济南市博物馆被授予“山东省科普教育基地”称号。

2020年1月23日，被中共山东省委宣传部、山东省社会科学界联合会授予“2018-2019年度山东省社科普及工作先进单位”称号。

2020年12月，被评定为第四批国家一级博物馆。

2023年1月，入选2022年度全国热搜博物馆百强榜单。