学校档案实行综合管理。按照党群、行政、教学、科研、产品、基本建设、仪器设备、出版、外事、财会、声像、实物等十二大类建立档案体系结构，全宗七个（包括济南大学、原山东建筑工业材料学院、济南联合大学——济南师范专科学校与济南职业学院、山东省物资学校、济南民政学校），馆藏档案近30000卷（册），其中实物档案239件、照片6894张等，最早馆藏档案所属年代为1948年。

目前， 济南大学档案馆设有业务指导部、信息管理部和校史工作部3个业务部室。校史工作部主要负责学校年鉴、大事记和校史编纂、校史展览馆有关工作以及馆内日常综合事务；业务指导部主要负责指导与检查全校各归档部门（单位）档案形成、积累、归档整理和档案的接收等工作；信息管理部主要负责档案的审核入库、保管利用、信息管理和咨询服务，开展数字档案馆建设等。

2005年初，济南大学档案馆配备并安装网络版档案管理信息系统（b/s结构）。此系统已经多次升级，2006年归档工作正式启用，包括档案组卷、编目、审核、移交、库房管理、目录打印、统计、检索等全过程，与纸质文件归档整理同步进行。同时，利用该系统同步挂接当年归档的电子文件，为档案检索和利用等方面提供便利。档案管理信息系统的投入使用，为今后数字档案馆的建设准备了技术平台，为提高档案管理信息化的层次奠定了基础。