内设机构包括：

办公室：综合协调与行政事务

规划财务科：编制预决算与资金管理

政策法规与综合监督科：行政执法与普法工作

基层健康科：社区卫生服务体系管理

医政医管科：医疗质量与安全监管

人口家庭与妇幼老龄健康科：妇幼保健与老龄政策

组织人事科：干部考核与人才队伍建设

下设事业单位涵盖：

疾病预防控制中心

卫生监督所

计划生育协会

红十字会

7家区级医疗机构