1·办公室

2·政策法规股（行政审批股）

3·医改股（剑阁县深化医药卫生体制改革领导小组办公室、药物政策与基本药物制度股）

4·疾病预防控制股（剑阁县卫生应急办公室、剑阁县重大传染病防治工作委员会办公室）

5·医政医管股（剑阁县献血领导小组办公室）

6·中医药股

7·妇幼健康服务股

8·计划生育基层管理股（流动人口计划生育服务管理股）

9·综合监督股

10·统计信息股

11·宣传教育股（剑阁县健康养生产业发展领导小组办公室）

12·财务股

13·人事股

14·机关党委办公室