1983年9月，江门市第一届归侨、侨属代表大会通过了《关于筹建江门华侨大学倡议书》；11月，江门市第八届人大会议一致通过在江门办大学的提议。1984年1月，广东省人民政府同意创办五邑大学，3月，江门市委、市政府成立“五邑大学筹建委员会”，提出“内外合力，共建大学”的建校方针。海外侨胞和港澳同胞纷纷响应、解囊相助。1985年10月7日，国家教育委员会、中华人民共和国国家计划委员会批准成立五邑大学。归广东省和江门市双重领导，以江门市为主。

1988年，学校开始面向社会招收夜大和函授教育的成教学生。1994年，学校在成人教育办的基础上正式成立五邑大学成人教育学院。1990年5月，经国家教委批准学校有学士学位授予权。

1993年3月9日，国家教委批准同意招收留学生，开始接收港澳台华侨学生和国际学生。1996年通过国家教委本科教学工作合格评价，1998年国务院学位委员会批准为硕士学位授予权单位2008年，本科教学工作水平评估被评为优秀等级。

2016年，五邑大学获批成为省首批转型试点高校、成为广东与江门省市共建本科高校。

2017年8月，学校成为具有推荐优秀应届本科毕业生免试攻读研究生资格的高校。11月，五邑大学增列为省市共建高水平理工科大学，广东省教育厅与江门市政府签署协议，支持五邑大学建设高水平理工科大学。2021年5月，获批成为博士学位授予立项建设单位，并围绕生物医药、新材料、智能制造等重点学科建设博士点。

2025年5月8日，江门市国资委与五邑大学合作交流暨签约。6月10日，五邑大学数据标注研究中心授牌。6月13日，五邑大学铸牢中华民族共同体意识研究院启动仪式在五邑大学举行。