根据《宁夏检察机关内设机构改革实施方案》，惠农区人民检察院设置内设机构7个。

1·检察办案部门共4个。分别为：

侦查监督部（原侦查监督科），负责对本辖区刑事犯罪案件犯罪嫌疑人的审查批捕、决定逮捕和立案监督，侦查活动监督的指导；承办应当由本院办理的审查批捕、决定逮捕案件；研究制定本院侦查监督工作有关规定。

公诉部（原公诉科），负责对本辖区刑事犯罪案件审查起诉、出庭公诉、抗诉工作的指导；负责对人民法院刑事审判活动实行监督工作的指导；承办应当由本院审查起诉、抗诉的案件。

民事行政检察部（原民事行政检察科），负责对本辖区民事诉讼、民事调解、民事执行监督、行政诉讼监督工作的指导；负责办理民事执行监督、民事调解监督案件，办理应当由本院受理的行政诉讼监督、公益诉讼、行政强制措施监督、行政执行、立案监督和非诉行政执行案件监督以及行政不作为、乱作为监督等案件；对本地人民法院已经发生法律效力但确有错误的民事、行政判决和裁定，向上级人民检察院提请抗诉。

控告申诉检察部（原控告申诉科），负责开展对本辖区涉及检察机关的控告、举报、刑事申诉、国家赔偿、司法救助等工作；处理来信来访；受理控告、举报、申诉，接受犯罪嫌疑人自首；管理举报线索，初核举报线索，审查不立案的举报线索；审查办理对公、检、法三机关及其工作人员阻碍辩护人、诉讼代理人依法行使诉讼权利的控告或申诉；审查办理对本院办理案件中的违法行为的申诉或控告；办理刑事申诉、国家赔偿案件；开展司法救助工作。

2·综合业务部门共1个，即业务管理部（原案管办），负责本院检察案件管理工作，统一受理本院直接立案管辖的案件、统一分流案件、统一办理内部流转、统一办结登记、统一负责案件对外移送的审核工作；对本辖区检察机关办案工作运行态势进行综合分析、研判，提出有针对性的对策建议；承办惠农区人民检察院检察委员会的日常工作。

3·检察辅助部门、司法行政部门统筹设置共1个，即综合保障部（合并原法警大队、原检察技术科、原政工科、原办公室），一是负责组织落实本院司法警察队伍建设规划和措施；执行看押、换押、送达等相关警务活动；制定本院司法警察管理的规章制度并组织实施。二是负责对本院检察技术工作的指导和管理；承办本院检察职能范围内各类案件的物证检验、鉴定、审核工作；参与全区有关司法鉴定工作的管理；负责本院检察系统计算机信息网络的规划建设。三是负责本院党的建设和队伍建设工作；开展检察机关思想政治工作；协同地市级及本辖区党委负责本院领导班子的考核、配备及后备干部的考察工作，办理有关任免手续；承担本院检察系统机构编制协管工作；负责机构设置、人员编制和干部考核、任免、调配、奖励和劳资管理工作；负责宣传工作以及宣传工作的指导；负责干部教育培训工作的指导；开展干部人事管理工作；负责离退休干部的日常管理工作；负责本院机关党组织工作及党的思想、组织、作风建设；制定本院有关干部管理、教育培训、宣传教育方面的规定并组织实施。四是负责协助院领导处理检察政务，组织协调院重要工作部署、重大决策的贯彻实施，组织安排机关重要会议和重大活动；负责文件起草；处理检察信息，编发内部简报；处理机要文电；负责人大代表联络工作；负责机关办公秩序管理和机关日常值班及保卫工作；负责检察统计、档案管理、保密工作；负责对检察信息研究工作的指导；负责本院办案、装备及基本建设经费进行分配和管理；负责本院检察技术装备、交通通信装备、武器弹药的统筹计划和管理工作；负责财务管理工作。

4·纪检监察室工作职责：负责本院干警违法违纪案件和其他重要、复杂案件的查处工作，监督、检查检察人员遵守党章、贯彻执行党的路线、方针、政策和国家法律、法规、决定、命令的情况，以及党风廉政建设的情况。