呼和浩特市体育局设6个职能科（室）：

(一)办公室

协助局领导处理机关日常工作，协调机关党务政务工作；负责局机关会议组织、文件起草、文秘档案、机要保密、信息综合、体育宣传、体育外事活动等工作；负责局机关综合材料的起草和行政复议等工作。管理局机关的财务工作和监督指导直属单位的财会工作。研究制订呼市体育工作方针、政策、法规，对体育工作和体制改革中的重大问题进行调查研究并提出方案；组织指导体育理论研究和体育发展战略研究；研究拟定体育产业政策。

(二)组织人事科

负责管理局机关并指导直属单位的人事、劳动工资、机构编制、专业技术职务评聘等工作。

(三)群众体育科

贯彻执行国家有关群众体育工作的方针、政策，研究制订呼市群众体育工作的发展规划；推行全民健身计划，监督国家体育锻炼标准实施，开展国民体质监测；指导和推动学校体育、农村体育、城市体育及其他社会体育的发展。

(四)竞技体育科

研究制订呼市竞技体育发展规划和竞技体育运动项目设置与布局；研究制订全市性体育竞赛规划、计划，并组织实施；负责呼市承办的国际、国内重大比赛的组织协调工作和主办呼市综合性运动会；组织开展反兴奋剂工作；负责全市裁判员队伍管理工作；指导业余训练工作。

(五)体育经济科

负责编制市体育事业发展中长期规划；研究拟定体育健身娱乐、竞赛表演、训练服务、技术信息等体育经济、经营活动及体育市场管理的政策、法规草案；制订体育经营活动从业条件和审批程序、办法；负责体育事业统计工作和局属单位国有资产管理、体育器材装备等工作。

(六)纪律检查监察室

检查体育局执行党的路线、方针、政策和决议的情况；受理工作人员违反党纪政纪行为的控告、检举及申诉；负责党风廉政建设和反腐败工作。