广州市花都区气象局设4个内设机构。

（一）办公室

负责文秘、保密、政务公开、目标管理、综合档案、信访、政务信息以及人事、财务、后勤管理等工作；参与雷电灾害的调查和统计上报工作；负责本局纪检监察工作；负责本局思想政治工作，精神文明建设以及工青妇和计生工作。

（二）观测预报科

负责本行政区域气象业务管理，负责气象监测、气象信息网络、气象技术保障体系的管理和维护工作；负责天气监测、气象预报、预警及突发气象灾害预警信息发布工作；承担气候可行性论证工作。

（三）气象灾害防御管理办公室（与应急减灾科合署办公）

负责组织制定和实施气象灾害防御规划、应急预案；负责组织气象防灾减灾体系的建设；负责人工影响天气的管理工作；负责组织管理气象灾害风险评估工作；负责本行政区域内的气象防灾减灾应急管理工作；承担突发公共事件气象应急保障工作；负责本行政区域内的雷电灾害防御管理工作，负责雷电灾害风险评估、防雷装置检测的管理；开展雷电灾害调查、事故鉴定等工作。

（四）法规监督科（与审批管理科合署办公）

组织实施行政审批制度改革工作；办理行政审批和备案事项；受上级部门委托组织开展相关行政审批和备案工作的资料审核、现场检查等工作；负责升放无人驾驶自由气球或系留气球的监督管理工作；负责气象行政执法工作，对有关违法行为依法实施行政处罚；负责气象行政复议和行政诉讼工作；负责组织本行政区域气象法制宣传教育工作。