市民营企业家协会内部机构设置有：秘书处、工业经济委员会、旅游经济委员会、商业贸易经济委员会、农业产业经济委员会、房地产建筑业经济委员会、文教卫体经济委员会、维权部、会员部、外联部、创新型企业推进部、培训部、宣传部，分别承担为企业和企业家服务的各项职能。

市民营企业家协会建有党总支部委员会，由市直属机关工委管辖，下设8个党支部，共有69名共产党员。

市民营企业家协会的宗旨是：面向企业，为企业和企业家服务。主要职责是维权、 自律和服务。组织企业家开展交流，对口考察和联谊活动，开展创新型企业，诚信企业，和谐企业建设活动。随着社会主义市场经济的不断完善和民营经济的迅速发展壮大，市民营企业家协会得到了党和政府的高度重视以及社会各界的广泛关注。2003年7月，李宏鸣市长提议建立市政府与民营企业家定期联系制度，自此，市委、市政府领导及市直有关部门负责人每年都定期来协会与各行业的民营企业家们分别举行座谈，开展联谊活动。企业家们有机会和市领导面对面地交流思想、反映情况、获取信息，共商民营经济发展之路。同时，协会与政府有关部门也建立起良好的协作关系，使协会的服务内容更广泛、服务面更宽、服务更周到，真正成为党和政府联系民营企业家的桥梁和纽带。