2002年5月17日，湖南省人民政府同意成立湖南农业大学东方科技学院，学校建院筹备开始；9月，学校揭牌并开始办学，为民办二级学院。

2004年2月，学校经中华人民共和国教育部审定确认为独立学院。

2005年10月19日，学校团总支、学生会及学生社团联合会成立。

2007年3月4日，“湖南农业大学东方科技学院考试与教学评估中心”成立；11月，学校当选湖南省独立学院联席会理事长单位。

2011年12月，学校当选全国民办本科高校协作会副会长单位。