呼伦贝尔经开区党工委、管委会设6个内设机构。

（一）综合办公室。负责机关日常运转工作，承担综合文稿起草、信息宣传、财务、保密机要、组织人事、机构编制、内部督查、档案、信访、人才服务及离退休人员管理等工作。

（二）党群工作部（呼伦贝尔经济技术开发区企业综合党委）。负责党的基层组织建设、干部队伍建设、党风廉政建设、统一战线、民族宗教、意识形态和群团等工作。指导开发区内企业和社会组织党的建设工作。

（三）经济发展局（应急管理办公室）。负责拟定开发区经济发展中长期规划、年度计划和招商引资政策并组织实施，推进产业结构调整和优化升级工作；负责项目开发、投资促进、资源平台建设等工作；负责开发区经济运行管理、科技创新、节能降耗、信息化、统计工作；负责进出口业务有关工作；负责经济交流与合作。负责安全生产工作，配合市应急管理局呼伦贝尔经济技术开发区分局开展相关工作。

（四）建设管理局。负责开发区基础设施建设规划、年度建设计划的编制、报批和组织实施等相关工作；负责开发区固定资产投资基本建设、基础设施、公用设施、项目工程及智慧园区等建设管理工作；负责协调配合有关部门开展水利、电力等相关工作。配合市自然资源局经济技术开发区分局、市生态环境局经济技术开发区分局开展相关工作。

（五）财政局。负责拟定开发区财政发展规划，承担年度财政预（决）算编制，参与制定相关经济政策并组织实施；负责开发区各项财政收入、预算外资金、债务、财政专户、国有资产、内部审计及开发区出资的国有企业监督等管理工作；负责参与管委会投资项目可行性论证工作；负责开发区项目建设资金的筹集、管理、核准等工作。

（六）政务服务局。负责开发区权限内行政审批事项的审批工作，负责权限外行政审批事项的综合协调等服务工作，推进审批服务便利化；负责开发区规定权限内投资项目的审批、核准和备案工作；负责外商投资项目服务工作；负责开发区行政应诉、规范性文件合规合法性审查、政务公开等法制建设相关工作，为入园企业提供法律服务。

纪检监察工委。呼伦贝尔经济技术开发区纪检监察工作委员会为呼伦贝尔市纪委监委的派出机构，在呼伦贝尔市纪委监委、呼伦贝尔经开区党工委双重领导下开展工作。