西康路校区

截至2020年，河海大学西康路校区位于南京市鼓楼区清凉山北麓，占地800余亩。河海大学校西康路校区工程馆建成后成为江苏省当时的标志性建筑之一，1959年入选建筑工程部建筑科学研究院编辑出版的《建筑十年-中华人民共和国建国十周年纪念（1949-1959）》图册，为华东水利学院时期老建筑之一。河海大学已拥有的水文水资源与水利工程科学国家重点实验室和水资源高效利用与工程安全国家工程研究中心，9个国家级以及省部级重点实验室，基本都位于西康路校区。

常州校区

截至2020年，河海大学常州校区的前身为1986年成立的河海大学机械学院，1996年5月更名为河海大学常州分校，2000年6月更名为河海大学常州校区。常州校区地处江苏省苏锡常经济高速发展地区。占地2248亩，总建筑规模71万平方米，围绕人工智能、新能源、新材料、国家安全等领域方向，开设机电工程学院、信息科学与工程学院、人工智能与自动化学院、新能源学院、材料科学与工程学院、水土保持学院、经济与金融学院、应急管理与安全工程学院、未来技术学院、河海里尔学院等十大学院。

江宁校区

截至2020年，河海大学江宁校区教学区位于南京市江宁开发区，57·53公顷（另有含非学校产权共建7·73公顷），江宁校区临近将军山、秦淮新河，是南京新时期发展的前沿，并与东南大学、南京航空航天大学相邻。河海大学江宁校区距西康路校区20千米，约半小时车程。