老河海时期

华东水利学院时期

1952年全国院系调整，南京大学、交通大学、浙江大学、同济大学、华东水利专科学校的水利系科，组建了新中国成立后第一所独立的、规模最大的水利高等学府——华东水利学院，掀开了中国水利高等教育事业发展的新篇章。钱正英为首任院长。同年10月27日，学校第一批学生入学上课，1954年学校开始执行全国统一教学计划。1960年，学校拟定了河川枢纽及水电站水工建筑、水道及港口水工建筑、陆地水文、农田水利工程等专业的全国指导性教学计划。1977年全国统一恢复高考招生制度，学校有11个专业招生，以及4个师资班。次年学校恢复研究生招生。

新河海时期

1985年9月13日，水利电力部发文同意恢复“河海大学”传统校名，同年11月20日，邓小平为学校亲笔题写了“河海大学”校名，次年2月，国家教委正式批准成立河海大学机械学院，1995年学校将29个系、所调整为10个学院。次年学校将36个党政机构调整为22个，建立了聘任、考核和评估制度。2000年河海大学由水利部划转教育部管理。同年学校开始建设河海大学江宁校区。2004年教育部和江苏省达成一致意见，共建河海大学，次年水利部和教育部签署合作共建河海大学协议。2008年，河海大学经教育部批准设立河海大学文天学院。次年11月，教育部、江苏省人民政府共建河海大学。

2018年3月，学校入选教育部首批“新工科”研究与实践项目；9月30日，学校成为高校“资源环境扶贫联盟”成员。10月，学校被国家知识产权局、教育部确定为2020年度国家知识产权试点高校。2020年6月，河海大学与法国里尔大学合作举办的非独立法人中外合作办学机构“河海大学河海里尔学院”正式获教育部批准。次年5月12日，河海大学信息学部人工智能学院揭牌成立。9月25日，河海大学经济与金融学院揭牌成立。2021年9月，被国家知识产权局、教育部确定为第三批国家知识产权信息服务中心。2022年2月14日，入选教育部公布的第二轮“双一流”建设高校及建设学科名单。2023年6月18日，河海大学调水工程研究院吉林院区揭牌仪式举行。7月17日，河海大学举行数学学院成立大会。10月，河海大学举行地理与遥感学院揭牌仪式。2024年5月30日，严恺院士科学家精神教育基地入选江苏省科学家精神教育基地。