民国二十二年（1933年），贺县设教育陈列馆。

1963年至1979年，文物工作由贺县文化馆承担，设两名专业干部。

1980年1月，成立贺县文物管理所，专门负责县内文物考古及管理工作。

1985年1月，建成文物管理所大楼，同年2月，正式对外开放。

1986年9月，贺县文物管理所更名为“贺县博物馆“。

1997年5月，贺县撒县设市（县级），贺县博物馆更名为“贺州市博物馆”（县级）。

2002年11月，撒贺州地区设贺州市（地级市），原县级贺州市博物馆上划为贺州市博物馆（地市级）。

2007年4月，成立贺州莲塘客家生态博物馆，它是广西生态博物馆建设的“1+10工程”（“1”是一座广西民族博物馆，“10”是十座生态博物馆）之一。

2008年10月，成立贺州市文物管理所，与博物馆执行一套人马两块牌子管理。