河源市科协成立于1988年12月30日。1990年8月7-8日在市区东江宾馆召开第一次代表大会，选举产生了河源市科协第一届委员会，选举委员27人（其中常委9人），邝育才当选主席，李敏（兼）、张逸才（兼）、陈添英（兼）当选副主席。

1995年10月12-13日，在市区东江宾馆召开第二次代表大会，选举产生市科协第二届委员会，选举委员39人（其中常委15人），曾瑞凤当选主席，温超芳、黄锋、黄集亮（兼）、祝笑（兼）当选副主席。

2000年11月28-29日，在市会议中心召开市科协第三次代表大会，选举产生市科协第三届委员会，曾瑞凤继续当选主席，黄大巨、黄锋、刘丽常（兼）、朱志明（兼）当选副主席。

2005年11月20-22日，在市会议中心召开市科协第四次代表大会，选举产生市科协第四届委员会，朱建明当选主席，张尔潜、陈春林、刘安华（兼）、何明亮（兼）、叶发兴（兼）、刘丽常（兼）当选副主席。

2010年11月10日，在市会议中心召开市科协第五次代表大会，选举产生市科协第五届委员会，朱建明当选主席，陈春林、钟道良、刘安华（兼）、何明亮（兼）、叶发兴（兼）、黄福平（兼）当选副主席。