河南省疾病预防控制中心经历了抗击非典和预防控制艾滋病、人感染高致病性禽流感等重大传染病，以及救灾防病和抗震救灾的洗礼，经受了严峻的考验，先后被卫生部和人事部授予“全国卫生系统先进集体”，被河南省委、省政府授予“文明单位”和“抗击非典先进集体”，被河南省总工会授予“‘五一’劳动奖状”。2011年，中心被国家文明委授予“全国文明单位”荣誉称号。

2011年以来，中心连续4届蝉联“全国文明单位”称号。

2017年，在原国家卫计委开展的省级疾病预防控制中心规范化建设评比中，位列全国第八名。多次被原国家卫计委授予“卫生应急先进集体”“全国疾病预防控制先进集体”等荣誉称号。在抗震救灾中先后被人社部授予“抗震救灾英雄集体”、被原卫生部授予“全国卫生系统抗震救灾英雄集体”、被中组部授予“全国抗震救灾先进基层党组织”、被全国总工会授予“抗震救灾重建家园‘工人先锋号’”等荣誉称号。2020年荣获“全国抗击新冠肺炎疫情先进集体”。

2020年4月，入选河南省新冠肺炎疫情防控应急科普工作先进集体名单。

2021年荣获国务院食安委授予的首届“全国食品安全工作先进集体”称号。2022年荣获“第20届国家青年文明号”“全国五一劳动奖状”。

2022年4月28日，荣获2022年全国五一劳动奖状。