1953年，中国人民解放军军事工程学院（哈军工）建校时成立数学教研室，历经基础课部、数力系。

1977年，数学学科首次招收本科生。

1996年，数学与应用数学专业建立。

1999年，由物理部和数学系合并，成立理学院；同年起每年持续招收本科生。

2004年，获批应用数学硕士学位授予权。

2011年，数学与应用数学本科专业获评黑龙江省重点专业。

2018年，获批数学一级学科博士学位授权点。

2019年，数学科学学院正式建院，并先后获批海洋科学与工程数学技术工业和信息化部重点实验室和黑龙江省工程应用数学重点实验室。

2021年，数学与应用数学专业获批国家一流专业建设点，获批“黑龙江应用数学中心”共同建设单位。