中国人民解放军军事工程学院时期

1952年3月18日，代总参谋长聂荣臻和副总参谋长粟裕向中央军委主席毛泽东和副主席周恩来、朱德、林彪呈送《关于成立军事工程学院的报告》。报告对学院成立的必要性、迫切性作了详细的阐述，明确了学院名称、院首长设置，部、系的组成，学制长短及毕业人数、学校选址等方面的内容。

1953年4月25日，哈尔滨工程大学的前身——哈军工举行了工地开工典礼大会。9月1日，军事工程学院成立暨学院第一期开学典礼举行。军事工程学院首任政委兼院长陈赓大将庄严宣布“中国人民解放军军事工程学院——历史上第一所军事工程学院正式成立了。”毛泽东主席为学院的成立颁发了训词。学院按军兵种设立空军工程系、炮兵工程系、海军工程系、装甲兵工程系、工程兵工程系五个系。

1958年3月26日，学院举行第一期学员毕业典礼大会。国防部长彭德怀签署国防部命令，准予636名学员毕业，授予毕业证书。

1960年到1962年，学院进行了分建和改建。学院炮兵工程系、装甲兵工程系等迁往黑龙江省外各院校。在这期间，1961年，学院被确定为全国重点大学。周恩来、朱德、邓小平、董必武、彭德怀、刘伯承、贺龙、陈毅、叶剑英等领导人及各总部、军兵种等50多位领导先后到学院视察和指导工作。

1966年4月，根据中央军委决定，“中国人民解放军军事工程学院”改名为“哈尔滨工程学院”，退出部队序列。

哈尔滨船舶工程学院时期

1970年8月31日至9月12日，筹建船舶工程学院座谈会在北京召开，会议对学院的性质、任务、规模、体制、专业设置等内容进行了明确。24日，六机部正式下发了筹建船舶学院的座谈会议纪要。经国务院、中央军委决定，哈尔滨工程学院海军工程系全建制及原军工其他各机关系部的部分干部教师调整归第六机械工业部（后为中国船舶工业总公司）领导，在“哈军工”原址组建哈尔滨船舶工程学院。航空工程系迁往西安，并入西北工业大学飞机工程系，现发展为西北工业大学航空学院。电子工程系、导弹工程系、计算机工程系、基础课部和院机关等部分迁往长沙，成立长沙工学院（现为国防科技大学）。1975年12月12日，学院举行第一届工农兵学员毕业典礼。

1976年3月，六机部下发文件《关于下达哈尔滨船舶工程学院设计任务的通知》（“扩初计划”）。强调学院要“为发展我国造船工业和建设强大的海军作出新的贡献”，哈船院正式进入规划和建设阶段。1978年，哈尔滨船舶工程学院被国家教委确定为全国88所重点高等学校之一。

1981年，学院船舶流体力学学科、水声工程专业首批获得博士学位授予权；船舶结构力学、船舶流体力学、热力学、水声工程、陀螺导航设备、反应堆工程等6个学科、专业获得首批硕士学位授予权。1983年1月，十二届中央政治局委员、中央军事委员会副主席聂荣臻为学院题写院名"哈尔滨船舶工程学院"。

1986年10月10日，学院图书馆开工建设（现理学楼）。1990年9月，哈尔滨船舶工程学院签定“8a4”水下机器人研制合同，成为4个承担研制单位之一。这个项目不仅提高了学院声誉，还培养出一批人才，使其学科建设迈进一大步。

哈尔滨工程大学时期

1994年4月，经国家教委批准，哈尔滨船舶工程学院更名为哈尔滨工程大学。1995年12月11日，由中国船舶工业总公司对学校进行的“211工程”部门预审会在图书馆举行。1996年9月，学校通过 “211工程”预审，成为国家“211工程”的首批建设学校。

1997年1月27日，哈尔滨工程大学水声国防重点实验室正式通过国家验收。该实验室是该校第一个国家级重点实验室。2001年7月12日，学校与海军签订依托培养军队干部协议，开始国防生生的培养工作，学校成为海军在东北地区第一家选拔培养后备军官的试点单位。

2002年，教育部批准试办研究生院。同年，科技部教育部批准启动建设“国家大学科技园”。国防科工委、黑龙江省政府确定实施重点共建。2003年，学校研究生院正式挂牌。2005年12月12日，哈尔滨工程大学核科学与技术学院成立，是国内高校第一个核科学与技术学院。2006年，入选国家大学生文化素质教育基地。同年，教育部批准学校为可以接收外国留学生的“中国政府奖学金”项目院校。2007年6月8日，国防科工委、教育部、黑龙江省人民政府、海军正式签署协议，十一五期间共同建设哈尔滨工程大学。

2008年，学校划归工业和信息化部管理。同年，被教育部批准成为第二批国家大学生创新性实验计划的实施单位。2010年，学校跻身国家“优势学科平台”建设高校。同年6月，被批准为教育部第一批“卓越工程师教育培养计划”实施高校。2011年，成为国家“985工程”优势学科创新平台项目建设高校。同年，与哈尔滨工业大学、北京航空航天大学等高校成立中俄工科大学联盟。2012年9月，首批入选国家级大学生创新创业训练计划实施高校。2014年，哈尔滨工程大学哈军工文化园景区被评定为国家3a级旅游景区，是黑龙江省高校首个国家级旅游景区。

2017年1月，被教育部认定为全国首批深化创新创业教育改革示范高校。哈军工纪念馆入选国家第三批国防教育示范基地。7月，被教育部评为全国创新创业典型经验高校。9月，入选国家首批“双一流”建设高校。12月，入选全国高校实践育人创新创业基地。同年，成为工业和信息化部高校联盟牵头单位。

2018年3月，学校入选教育部首批“国家级新工科研究与实践项目”。同年，海洋局、工业和信息化部正式签署协议，就共同支持哈尔滨工程大学改革发展和“双一流”建设达成协议，支持学校“双一流”建设、加强科研平台和条件能力建设、建设海洋领域国家实验室等。

2019年，成为工业和信息化部、教育部、黑龙江省人民政府、哈尔滨市人民政府共建高校。2020年5月，哈尔滨工程大学南安普顿海洋工程联合学院成立。9月11日，哈尔滨工程大学烟台研究(生)院2020级新生开学典礼暨院区启动仪式在海工楼举行。10月，被国家知识产权局、教育部确定为2020年度国家知识产权试点高校。12月24日，学校南海创新发展基地揭牌，开展校地、校企、校校合作，人才联合培养，研究生入学筹备等各项工作。

2021年，成立未来技术学院。同年，建设青岛创新发展基地。5月16日，学校成为“全国高等军工院校课程思政联盟”首批会员单位之一。2022年2月，被列入第二轮“双一流”建设高校名单，“船舶与海洋工程”为双一流建设学科。2023年8月31日，学校校史馆正式开馆，并举行开馆仪式。9月，入选第二批国家卓越工程师学院建设高校名单。9月7日，国家主席习近平来到哈尔滨工程大学视察。10月9日，哈尔滨工程大学国家卓越工程师学院成立大会举行。

2024年6月20日，哈尔滨工程大学计算机学科发展战略咨询委员会成立。10月25日，哈尔滨工程大学召开区域国别前沿交叉与中国式现代化研讨会暨区域国别学前沿交叉研究中心成立大会。11月12日，由黑龙江省人大常委会法工委与哈尔滨工业大学、黑龙江大学、哈尔滨工程大学、东北林业大学、东北农业大学、哈尔滨师范大学等6所高校共同组建的黑龙江省地方立法（备案审查）研究中心在黑龙江大学举行成立集中签约和授牌仪式。

2025年1月15日，“绿色、零碳、数智、动力”船海技术论坛在哈尔滨工程大学启航活动中心教师沙龙召开，哈尔滨工程大学碳中和研究院、船舶数字与智能技术研究院揭牌成立。2月23日，哈尔滨工程大学研发的国内首套可以 360° 无死角观看、监测海面及海洋环境的船舶之“眼”，顺利完成海上无人船舶科研试验项目的目标识别任务。4月9日，哈尔滨工程大学与国防科技工业局核技术支持中心签署合作框架协议。4月18日，黑龙江财经学院与哈尔滨工程大学举行党建结对共建签约仪式。4月19日，哈尔滨工程大学与黑龙江省民族博物馆共建教学实践基地揭牌仪式圆满举行。