1953年，“中国人民解放军军事工程学院（哈军工）”导弹工程系创立。

1978年，中国人民解放军军事工程学院导弹工程系战术导弹部分组建的航天工程系正式招收导弹结构设计专业、固体火箭发动机专业、导弹自动控制专业和导弹制导专业4个专业的本科生。

1987年，军工专业实行军民互转。

1995年，在航天工程系工业与民用建筑专业（导弹结构设计专业）及供热通风及空调专业（固体火箭发动机专业）的基础上组建建筑工程系。

1997年，增加给水排水工程专业。

1999年，飞行器设计专业恢复招生，数力系的力学专业并入建筑工程系，同年组建建筑工程学院。

2003年，经学校批准学院更名为建筑工程学院（航天工程系）。

2007年9月，飞行器动力工程专业恢复招生。

2008年，成立质量与可靠性工程专业，同年5月经学校研究决定，建筑工程学院更名为航天与建筑工程学院。

2020年9月，“黑龙江省先进复合材料结构与力学省级重点实验室”获省科技厅备案通过。