1985年，黑龙江职业技术学院创建。

1998年，经黑龙江省教育委员会评估学院升格为高等教育学历文凭考试试点院校。

2015年，黑龙江职业技术学院创建中职中专部的哈尔滨市航空服务中等专业学校被中华人民共和国教育部确立为国家中职示范学校。

2017年2月，黑龙江职业技术学院教育集团经北京产权交易所在第四次挂牌期间，出资购置了阿继厂区及部分设施；12月，黑龙江省人民政府办公厅印发《黑龙江省高等学校设置“十三五”规划》，明确关于在黑龙江职业技术学院基础上建立哈尔滨航空职业技术学院。

2018年初，黑龙江职业技术学院出资7000余万元人民币购买了位于哈尔滨市阿城区阿什河畔168000余平方米的土地及其上8500多万平方米的建筑；3月1日，经黑龙江省人民政府批准，同意在黑龙江职业技术学院基础上建立哈尔滨北方航空职业技术学院，撤销原黑龙江职业技术学院；5月，中华人民共和国教育部办公厅发布《关于公布实施专科教育高等学校备案名单的函》，哈尔滨北方航空职业技术学院通过备案；9月26日，哈尔滨北方航空职业技术学院在学院艺体中心举行2018级新生开学典礼。

2023年12月，哈尔滨北方航空职业技术学院顺利通过民用航空低空飞行服务专业人员基础培训机构资质评估；12月7日，哈尔滨北方航空职业技术学院举行民航运输系“空中服务领航工作室”揭牌仪式。

2024年9月26日，哈尔滨北方航空职业技术学院担任阿城区大中小学思政课一体化建设第三联盟理事长单位；10月12日，中国民航低空飞行服务专业人员基础培训机构揭牌颁证仪式在哈尔滨北方航空职业技术学院举行；11月22日，中国民航科普基金会公布2024年度中国民航科普教育基地名单，哈尔滨北方航空职业技术学院被认定为中国民航科普教育基地（文化传播类）。