办公室(党委办公室)。承办机关日常综合性事务，承担公文处理、会务管理、信息调研、档案管理、机要保密、信访、值班值守、国家安全等工作;组织实施政务公开、政府信息公开、税收宣传、督查督办等工作。

　　政策法规处。组织实施依法行政工作;承担涉及多个税种、社会保险费和非税收入综合性政策文件;承担规范性文件合法性审查工作;承担重大执法决定法制审核工作;组织协调重大税务案件审理;承担税务行政复议、行政诉讼、涉税反补贴案件应对、公职律师和法律顾问相关工作。

　　货物和劳务税处(进出口税收管理处)。承担组织实施增值税、消费税、车辆购置税等和进出口税收的征收管理工作;对相关税种和进出口税收具体业务问题进行解释和处理;负责增值税发票管理;指导进出口税收的日常管理。

　　企业所得税处。组织实施企业所得税征收管理工作;对企业所得税具体业务问题进行解释和处理。

　　个人所得税处。组织实施个人所得税征收管理工作;对个人所得税具体业务问题进行解释和处理。

　　财产和行为税处。组织实施房产税、城镇土地使用税、土地增值税、契税、城市维护建设税、印花税、资源税、环境保护税、车船税、耕地占用税和烟叶税等征收管理工作;对相关税种具体业务问题进行解释和处理。

　　社会保险费处。组织实施基本养老保险费、基本医疗保险费、失业保险费、工伤保险费、生育保险费等社会保险费征收管理工作。

　　非税收入处。组织实施文化事业建设费、教育费附加和地方教育附加等有关非税收入的征收管理工作。

　　收入规划核算处。组织实施税收、社会保险费和有关非税收入的中长期规划;拟订出口退(免)税年度安排，组织实施免抵调库年度安排;组织实施税收收入的预测分析和重点税源监控管理工作;组织实施会统核算、缴库退库、票证管理等制度，实施会计监督。

　　纳税服务处。组织实施纳税服务工作;承担税法宣传、纳税辅导、咨询服务、办税服务和权益保护等工作;承担税收信用体系建设;落实涉税专业服务监管政策及制度，统筹协调社会化纳税服务。

　　征管和科技发展处。组织实施税收征管法律法规、规章及规范性文件;承担税务登记、纳税申报、普通发票管理等征管工作;组织实施信息化建设工作;承担税务行业标准和业务需求管理。

　　国际税收管理处。组织实施国家(地区)间税收条约(安排);承担非居民所得、居民境外所得等跨境税收管理工作;组织实施反避税工作;组织实施国际税收征管协助;负责外事管理。

　　税收经济分析处。组织实施税收经济分析工作;运用税收数据对本地区经济运行情况开展动态监控分析;承担税收政策效应分析工作。

　　自由贸易港改革发展处。落实税务总局、海南省委省政府关于海南自由贸易试验区、中国特色自由贸易港的政策措施;组织实施本系统自由贸易港建设工作;开展对外联络和交流。

　　财务管理处(装备和采购处)。组织实施预决算、基建、会计核算、财务内控、政府采购、资产管理等工作;办理具体采购事项;承担机关财务管理工作。

　　督察内审处。组织实施税收执法督察，开展对社会保险费和有关非税收入法律、法规、规章及规范性文件执行情况的监督检查;组织实施预算执行、基本建设、政府采购等内部财务审计和领导干部经济责任审计。

　　人事处(党委组织部)。组织实施干部人事制度及人才队伍建设;承担人事、机构编制、公务员管理、干部考核、工资、人事档案、专业技术职务管理等工作。

　　考核考评处。组织实施绩效管理和数字人事管理工作;承担年度绩效考评工作。

　　教育处。承担干部教育培训工作。

　　党建工作处(党委宣传部、巡察工作办公室)。协助党委落实全面从严治党主体责任;统筹和指导系统党群工作，宣传和执行党的路线方针政策，组织和指导本系统思想政治建设、意识形态建设、税务文化建设、精神文明、统战和巡察工作。

　　机关党委。承担机关和派出机构党群工作。

　　老干部处。承担老干部工作。

　　根据有关规定，设置党委纪检组，承担党的纪律检查工作。