1991年，海口国家高新技术产业开发区成立。

海口国家高新技术产业开发区原由海南国科园股份有限公司负责管理。2000年6月，省政府决定海口国家高新技术产业开发区移交市政府管理，并经省政府批准，市政府成立海口国家高新技术产业开发区管委会，并与海口保税区管委会实行“两块牌子、一套人马”的管理体制，将保税区的管理职能、体制、政策和配套服务辐射延伸到高新区。

2006年，市委经过反复酝酿，决定对海口市开发区的管理体制进行调整，分别设立保税区管委会和高新区管委会，把过去二个管委会管辖范围内非海关监管特殊区域划归高新区管会管理。