建院以来，南沙法院先后荣获“全国工人先锋号”、“全国五四红旗团支部”等国家级荣誉称号。受到省级以上表彰的先进集体4个，先进个人14人次；受到市级表彰的先进集体23个，先进个人69人次；受到区委、区政府表彰的先进集体55个，先进个人117人次。在2011年广东省法院人民满意度评查中，在全省128个基层法院中高居第七位。2012年，荣获广州市法院系统集体三等功，被广东省法院授予“无执行积案先进法院”的称号，团支部亦获评“2011-2012年度广东省五四红旗团支部”和“2012年度全国五四红旗团支部”。2013年获评“2013年度全市基层法院工作先进单位”称号。2014年荣获“全国工人先锋号”和“广州市模范职工之家”称号，并被确定为广州市司法公开示范法院。

2019年1月，最高人民法院决定授予广州市南沙区人民法院“全国优秀法院”称号。

2020年5月，广州市南沙区人民法院南沙人民法庭荣获最高人民法院“全国法院人民法庭工作先进集体”称号。

2021年6月，广州市南沙区人民法院机关党委获”广东省先进基层党组织“称号。