广州神农草堂中医药博物馆是全国中医药文化宣传教育基地、全国科普教育基地（2014年以及2015年年度考评为优秀基地）、全国中小学生研学实践教育基地、广东省中医药文化养生旅游示范基地称号，、广东首个健康旅游基地、广东省法治文化建设示范点、岭南（中医药）文化特色研究基地、广东省中医药（岭南）文化研究基地、广东省科普教育基地、广东省青少年科技教育基地、广东省首批国民旅游休闲示范单位、广东省青年文明号、广州市青年文明号标兵、广州科普精品游基地、广州市爱国主义教育基地（2016年年度考评为优秀基地）、广州市科学技术普及基地、广州市党员教育基地、广州市反腐倡廉教育基地、广州市质量教育基地、广州市青年文明号标兵、广药集团工人先锋号、广州市侨办中医药文化传承基地等多个基地挂牌。

2017年11月28日，广州神农草堂中医药博物馆入选为国家aaaa级旅游景区。

2017年12月，广州神农草堂中医药博物馆被评选为全国中小学生研学实践教育基地。

2022年3月30日，被中国科学技术协会命名为2021-2025年度第一批全国科普教育基地。

2023年5月，被评为2022年度白云区优秀社会组织。

2023年9月，获评为广州市粤港澳青少年交流活动基地2022年度考核优秀名单。