前身溯源

广西大学行健文理学院

2002年7月，广西壮族自治区教育厅下文同意广西大学试办行健文理学院，学院开始创办。当年，在广西大学东校园第八教学楼办学。

2003年，按照教育部8号文要求进行调整完善，学院与全国部分以及广西同类院校一起，2003学年度暂停招生。

2004年1月，通过教育部确认，成为全国首批全日制本科普通高校（独立学院）。教育部下发《关于对广西壮族自治区普通高等学校举办的独立学院予以确认的通知》，同意举办广西大学行健文理学院。广西大学与广西希达教育开发有限公司签订合作协议，共同举办具有独立法人资格的广西大学行健文理学院。当年，学院租用广西南宁邕武路16号广西大学邕武校区（原林学院校区）办学。

2005年1月，通过教育部对本院办学条件的专项检查。当年，学院租用广西大学东校园第九教学楼和广西大学东校园第13宿舍楼办学。同年起，选定了新校址，并完成新校区建设规划和设计工作，新校区第一期工程开工建设；8月，成立国际学院，与英国国际教育联盟合作办学，开创了本院与境外高校、机构合作办学的先河，标志着学院办学国际化探索的正式启动。

2006年初，占地面积300亩，总投资2·7亿人民币的新校区第一期工程教学大楼、行政办公大楼、图书馆、学生宿舍等校舍17万平方米全面开工建设。

2008年，学院按教育部《独立学院设置与管理办法》（第26号令）规定，学生毕业经学院学位委员会审核，符合广西大学行健文理学院学士学位授予条件的，颁发广西大学行健文理学院学士学位证书。

广西农业职业技术学院

1942年，南宁高级农业职业学校创立。

1951年，南宁高级农业职业学校更名为广西革大农林水利专修科。

1953年，广西革大农林水利专修科更名为南宁农业学校。

1960年，南宁农业学校更名为广西农业专科学校。

1961年，广西农业专科学校更名为广西农业学校。

1970年，广西农业学校更名为南宁地区农业学校。

1978年，南宁地区农业学校更名为广西农业学校。

2002年8月，经广西壮族自治区人民政府批准，广西农业学校升格为广西农业职业技术学院。

广西壮族自治区畜牧研究所

合并组建

广西农业职业技术大学

2021年2月25日，广西壮族自治区教育厅发布《关于拟同意申报设置有关高等学校的公示》拟向教育部申请批准广西大学行健文理学院与广西农业职业技术学院合并转设为广西农业职业技术大学；5月17日，教育部发展规划司发布《关于拟同意设置本科高等学校的公示》，拟同意广西大学行健文理学院和广西农业职业技术学院合并转设为广西农业职业技术大学；5月31日，经国家教育部批准设置，由广西大学行健文理学院、广西农业职业技术学院及广西畜牧研究所合并转设而成广西农业职业技术大学；6月25日，广西壮族自治区人民政府发布《关于设置广西农业职业技术大学的通知》同意整合广西大学行健文理学院、广西农业职业技术学院办学资源，设置广西农业职业技术大学；同时撤销广西大学行健文理学院、广西农业职业技术学院的建制；9月15日，广西农业职业技术大学正式挂牌。

2022年12月29日，广西农业职业技术大学西校区一期学生宿舍工程项目举行开工仪式。

2024年9月13日，广西农业职业技术大学举行南大门揭牌启用仪式。11月30日上午，广西农业职业技术大学校友会成立大会暨第一次会员代表大会在学校西校区多功能报告厅举行。