1956年4月，山西省果树试验场由原山西省农业厅筹备。

1957年4月，研究所正式成立。

1958年10月，改建为山西省果树科学研究所，隶属山西省农业建设厅领导。

1959年2月，因山西省科研机构调整归口，更名为山西省农业科学院太谷果树研究所，后名称和隶属关系几经变化。

1975年，正式更名为山西省农业科学院果树研究所，隶属山西省农业科学院

2019年，因山西农业大学与山西省农业科学院合署，隶属于山西农业大学，更名为山西农业大学果树研究所（山西省农业科学院果树研究所）。