截至2025年6月，广州医科大学共建设2个校区，分别是越秀校区、番禺校区。占地面积59·75万平方米，建筑面积55·50万平方米。

越秀校区

地址：位于广东省广州市越秀区东风西路195号

越秀校区食堂建筑面积约7714·9㎡，食堂目前提供餐位2200个，最大供餐人数约为4300人，食堂安装有空调、风扇、紫外线筷子消毒机。体育馆有5层：一层形体室、健美操、体质测试室；二层乒乓球室；五层有羽毛球场、篮球场。越秀校区大部分宿舍为独立套间，配置了空调、风扇、套床、衣柜、书桌、网络端口等，每间宿舍均配热水淋浴系统，每层宿舍均配公共洗衣机、开水器。

番禺校区

地址：广东省广州市番禺区新造路1号