寺院建筑依山就势，层叠递进，坐北朝南，气势雄伟。原建筑有三进山门；四殿--韦陀殿、光明殿、弥勒殿、千佛殿；四堂--东、西禅堂、五观堂、斋堂；四楼--伽蓝楼、藏经楼、御幡楼、御书楼；二阁--御史阁、分贝阁，还有“雨花深处”、“蓬莱书院”两处学屋，以及其它房舍等。寺院大门是牌楼式建筑，为东路咽喉，巍峨高耸，石柱刻联为“乘教”、“沙门”四字。前行不远就是二门，面向东方，门联为：“欲望法界需初步，直到莲台是上乘”。向西数步即是三门，面南，联为“名山自是无双地，妙法自然不二门”。门内建有东西厢房。向北登上38层台阶，有一广阔场地，在此南望，层峦叠障的群峰，横亘于寺前，犹如一道天然屏风，非常壮丽。大悲、天竺、莲花、挂月、望海五峰犹如五朵莲花竞相开放，绚丽多姿，如诗如画。宋代文豪苏东坡知密州时曾盛赞此山“奇秀不减天台、雁荡”。再北便是伽蓝楼，内供关帝木雕像，楼门联为：“好护名山新气象，得开初地大规模”。楼前墙壁下部镶嵌石碑4块，有开山和尚明开撰书的《敕建五莲山护国光明寺碑记》 ，明万历四十年(1612)年“重修大护国万寿光明寺碑记”和同碑的崇祯二年(1629)“重修五莲山寺记”，东西两侧有“追刻五莲山诗序”和清代名人赞咏五莲山的诗刻。楼前院东侧，有康熙二十二年重修光明寺碑1座。往东，院墙上镶有“五莲山碑记”。楼东侧的东厅为接待上宾之处，楼西侧的西厅为道人(侍候老和尚的人)住所。西厅前建有挂单僧人住的云水堂。穿伽蓝楼而过登上21层台阶，过长廊到院中，东侧为五观堂(大寮)，西侧为僧人应供、过斋的斋堂，院中为韦陀殿，内奉韦陀菩萨木雕像。门联为“持宝杵三州感应，披金甲四处游巡”。殿后院筑东、西禅堂各1座，为僧人参禅习经之所。正北是光明殿(即大雄宝殿)，仿北京故宫金銮殿式建筑，占地约300余平方米，飞檐翘角，宏伟开阔，雕梁画栋，金碧辉煌。内奉释迦如来丈二金身，左有阿难尊者、千眼菩萨，右有迦叶尊者、千手菩萨；殿内两侧依墙二十四圆通相对排列，正中高悬乾隆御笔“宝相庄严”大字金匾。大殿东侧筑御书楼，为藏书之所；西侧御幡楼，乃珍藏御赐物品之所。中轴线最后一座建筑是藏经楼，上下两层共9间，藏有万历御赐宋版大藏经共6780卷，御仗、御幡、玉磬、紫衣等；此外还珍藏7片贝叶经，为明天启年间西域僧来五莲参方所留，乃经中之宝。楼下正中3间为重大节日悬挂乾隆御影及开山和尚画像处。据传清乾隆皇帝孩提时经常生病，其母为其许愿，长大后到五莲山出家当和尚，在乾隆登基之后，为了还愿，便请五莲开山和尚八世孙作替僧，后又赐赠御影丹青1帧。画面是头戴平顶僧帽，身着僧袍，披百衲袈裟，双手扶膝，盘腿坐于龙墩之上，案下僧鞋呈八字形摆列。每逢过年，悬挂3天，大小和尚顶礼膜拜。藏经楼东端建有分贝阁，西端有接待御史的御史阁。寺院东侧有两处书屋，一名“雨花深处”，门上楹联为“迎旭东方春又至，飘香上界客初来”。一名“莲峰书院”，门上楹联为：“岂因果报方行善，不为功名亦读书”。还建有弥勒殿，人们多来此烧香求子，其门联诙谐有趣，雅俗共赏。道是：“吉祥尽是常欢喜，受用无如大肚皮”。在天竺峰仙人掌下建有千佛殿，内奉2米多高的千佛铜像，身边护法神韦陀铜像，千佛左右分立着阿弥陀佛和地藏菩萨大型木雕像。

光明寺属禅宗临济正宗派。从开山和尚明开到“能”字辈，共传18辈，1927年寺内有僧43人，至1947年僧人散失。当今光明寺依原貌正逐步修复，重修山门寺额为中国佛教协会会长赵朴初所书。