中心共设20个副处级内设部门和2个正处级直属机构。

20个副处级内设部门包括5个职能部门、15个业务部门。5个职能部门分别是：办公室、纪检监察室（与党委办公室合署）、人力资源部、计划财务部、科教与信息部；15个业务部门分别是：传染病预防控制所、艾滋病预防控制所、寄生虫病预防控制所、消毒与病媒生物预防控制所、免疫所、慢性非传染性疾病预防控制所、基层卫生与地方病预防控制所、营养与食品安全所、环境与学校卫生所、病原微生物检验所、卫生化验所、卫生毒理所、公共卫生应急部、生物制品与器械部、质量技术部。

2个正处级直属机构为：广东省公共卫生研究院、广东省生物制品与药物研究所。