国立西北技艺专科学校

1939年4月，经国民政府行政院决定，在兰州建立西北技艺专科学校。先后设农艺、森林、畜牧、兽医、农业经济和农田水利等科。

1945年8月，奉教育部令，将国立西北技艺专科学校改名国立西北农业专科学校，设农艺、森林、畜牧科、兽医科、农田水利、农业经济和牧草7科。

国立兽医学院

1946年，经国民政府教育部批准，时任国民政府教育部长朱家骅委派盛彤笙在兰州筹办国立兽医学院。

1946年9月，国立兽医学院设在兰州大学，作为四学院之一，首届招收新生48名，学制四年。教学分设解剖科、生理药理科、生物化学科、细菌卫生科、病理寄生虫科、诊疗科、畜牧科7科。

1947年4月，国立兽医学院正式从兰州大学独立出来。

1947年7月，由国民政府教育部直接领导，甘肃省政府协助。

1948年，在甘肃省兰州市黄河南岸的小西湖畔，建成教学楼“伏羲堂”。

1950年2月，撤消国立西北农业专科学校，畜牧科、草原科并入国立兽医学院。

西北畜牧兽医学院

1950年12月，西北军政委员会决定，将国立兽医学院改名为西北兽医学院。

1951年，西北兽医学院改名为西北畜牧兽医学院，隶属西北畜牧部、西北教育部共同领导。设立畜牧系，下设生物、饲养、牧草与草原、选育、绵羊与羊毛5科。

1952年，引进前苏联高等教育经验后，学校开设学制4年的畜牧系畜牧专业、兽医系兽医专业。

1952年9月，经政务院批准，西北农学院畜牧兽医系并入西北畜牧兽医学院，并实行全国统一招生和分配。

1953年，学院首招研究生8人。

1958年，西北畜牧兽医学院从甘肃省兰州市搬迁到甘肃省武威市黄羊镇。

甘肃农业大学

1958年5月，甘肃省委决定，将正在筹建的甘肃农学院与西北畜牧兽医学院合并，组建甘肃农业大学。

1958年12月，甘肃农业大学成立大会在甘肃省武威市黄羊镇召开。学校在畜牧、兽医两个系的基础上，增设了农学、林学和农业机械3个系，共计5个系5个专业，同年开始招生。

1977年，学校恢复高考招生制度。

1978年，学校恢复研究生招生。

1981年12月，经国务院批准，甘肃农业大学迁回兰州市办学。

1984年10月，甘肃农业大学迁建工程在营门滩动工。

2010年，入选国家“特色重点学科项目”建设高校。

2011年底，入选国家建设高水平大学公派研究生项目。

2012年6月，中华人民共和国农业部和甘肃省人民政府签署协议共建甘肃农业大学。

2012年10月，经全国博士后管委会专家组评审，获准新增草学博士后科研流动站；畜牧学博士后科研流动站重新确认。

2013年5月，入围国家“中西部高校基础能力建设工程”百所高校。

2014年10月，入围国家第一批卓越农林人才教育培养计划项目试点高校，创新型卓越农林人才教育培养计划改革试点项目（涉及农学、种子科学与工程、中草药栽培与鉴定专业）和动物医学院申报的复合应用型卓越农林人才教育培养计划改革试点项目（动物医学专业）获批立项。

2020年4月，国家高寒草地鼠害防控工程技术研究中心落户甘肃农业大学。

2021年5月，成为高等农林院校课程思政联盟理事会员单位。

2023年11月，甘肃省高校种业产业研究院、甘肃农业大学玉米研究中心在甘肃农业大学揭牌成立。

2023年10月，共同发起成立西北寒旱区域现代农业产教融合共同体。

2024年5月18日，甘肃农业大学召开农业资源与生态环境类学科发展战略咨询委员会成立大会。7月13日，甘肃农业大学“陇南核桃产业专家院”揭牌。11月22日，甘肃农业大学教育发展基金会成立。

2025年4月2日，甘肃农业大学与蒙古国植物保护研究所“一带一路”退化生态修复联合研究中心成立。