南通海洋环境监测中心站主要履行所辖海域海洋环境观测、监测、预警报等职责，其主要职责为：

（一）负责所辖海域海洋环境监测站的行政业务管理、技术指导、人员培训和资料档案管理工作。

（二）负责所辖海域海洋环境监测和观测数据资料的获取、分析处理、传输和质量控制。

（三）负责所辖海域海洋监（观）测网和预警报能力建设，承担海洋站和观测点的选址、论证及建设工作。

（四）制作并发布所辖海域海洋环境预报和海洋灾害预报、警报以及预报要素的诊断分析产品。

（五）负责所辖海域海洋环境监视、监测和评价；对海域污染物排海（排污口）及海洋保护区开展定期监测和监视工作；对所辖海域海洋（涉海）工程建设项目的监视监管以及海洋环境影响跟踪监测与评价。

（六）承担所辖海域年度海洋灾害分析评估和预测以及海洋灾害的应急监测、灾情调查、资料搜集上报和生态损害调查评估。

（七）受理辖区分局审批的海洋倾倒申请，开展辖区海洋倾倒活动的监视监管，承担海洋倾倒区监测与评价。

（八）为所辖海域海洋防灾减灾、海洋环境保护、海洋综合管理和海洋经济建设提供技术保障。

（九）承担上级下达的其他工作任务。