南通海洋环境监测中心站内设6个科室：

办公室

组织人事科

业务科

监测室

预报室

信息室

南通海洋环境监测中心站管理5个海洋站：

国家海洋局滨海海洋环境监测站

国家海洋局新洋港海洋环境监测站

国家海洋局洋口港海洋环境监测站

国家海洋局吕四海洋环境监测站

国家海洋局连云港海洋环境监测站