1965年6月16日，广东省中药材学校成立，校址在广州市塞坝口。

1974年3月，迁址至浆栏路并更名为广东省商业技校第一分校。

1979年9月，改为广东省医药技工学校。

1983年，成立广东省医药职工中专学校，与广东省医药技工学校一起办学。

1984年，迁址至广州市天河区龙洞。

1986年3月，成立广东省医药学校。

2002年，经广东省人民政府批准，同意升格为高等职业院校。

2003年5月，经教育部备案，正式升格为广东化工制药职业技术学院。

2007年5月，经教育部备案更名为广东食品药品职业学院。

2008年7月，学院顺利通过教育部高等职业院校人才培养工作评估。

2016年11月，经省教育厅、省财政厅确定成为广东省一流高职院校建设计划立项建设单位。

2018年12月，学校通过评审成为广东省示范性高等职业院校。

2019年，通过“教育部现代学徒制第二批试点单位”验收；同年7月，学校被教育部认定为优质专科高等职业院校；同年10月，学校通过教育部立项成为“中国特色高水平高职学校和专业建设计划”单位。

2020年，成功入选国家示范性职业教育集团培育单位；同年10月，入选广东省职业院校“双师型”教师培训基地。

2023年12月，广东食品药品职业学院与广东省第二荣军医院教学实习基地揭牌仪式在省第二荣军医院隆重举行。