1952年秋，广东省各级工会急需培养大批有文化、有素质的工会干部，为此，处于筹建时期的广东省总工会成立了广东省工会干部学校。

1960年，广东省工会干部学校被撤销。

1963年，广东省委批准建立广东省工青妇干部学校。

1971年，广东省革委会下令撤销省工青妇干校。

1980年，广东省工会干部学校正式恢复，借用广东省总工会招待所作为办学场地办班。

1986年，广州市天河区天平架校区建成投入使用，学校成为广东全省工会干部培训中心基地。

1993年7月19日，广东省总工会干部学校在其基础上创办了广东省第一所民办高等学校——南华工商学院，干校与南华长期实行“两块牌子、一套人马”，承担工会干部培训和学历教育两种功能。

2016年8月23日，经广东省人民政府批准，学校办学性质由民办转为公办。

2017年5月10日，教育部办公厅正式发文，公布通过2017年教育部备案的专科教育高等学校名单，同意学校转为公办院校并更名为“广东南华工商职业学院”。

2020年11月，入选第三批国防教育特色学校。

2023年9月，被广州市人民政府评为2020—2021年度广州市无偿献血和临床用血先进单位。